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Dentro del portafolio de instrumentos de la entidad, el de mayor impacto ha sido la cofinanciación, mecanismo por el cual se llevan a cabo proyectos de manera conjunta entre una o más empresas y un centro de desarrollo tecnológico o un grupo de investigación de una universidad.
Para los sectores energético y minero, a partir de 2004, entraron en vigencia los convenios interinstitucionales de cooperación firmados por Colciencias con empresas y entidades representativas en el país como Ecopetrol y Codensa. Esto permitió la cooperación entre los sectores productivo y académico, con propuestas de investigación alineadas con las necesidades de las organizaciones.
El principal mecanismo de financiamiento utilizado por las empresas es la deducción tributaria, obtenida por inversiones en proyectos de carácter científico y tecnológico. Se puede reducir la renta 175% del valor invertido en dichos proyectos, sin que exceda 40% de la renta líquida, determinada antes de restar el valor de la inversión.
Las convocatorias son anuales, con el objetivo de asignar los cupos de deducción. Si después del cierre quedan cupos, se reciben más solicitudes por ventanilla, hasta agotar el cupo.