El aislamiento de grupos de enfermos empezó a hacerse en el año 706, cuando el califa Al-Walid, construyó el primer hospital islámico en Damasco, con secciones separadas para los pacientes con lepra. Durante la Edad Media, la construcción de lugares para tratar la lepra se amplió a lo largo de toda Europa, donde llegaron a haber 19.000 de estos espacios.

El término cuarentena como forma para el control de una epidemia, empezó a usarse en el siglo XIV, justo en los años posteriores a la Peste Negra. En 1377, la colonia veneciana de Ragusa, un puerto muy importante en ese momento, puso en operación el primer sistema de cuarentena de la historia. La palabra quarantena, en italiano, se refería a los 40 días de espera que los barcos y las personas debían tomar como medida de prevención. Este período de aislamiento era bastante efectivo, pues según información de la época la peste tenía un ciclo de menos de 40 días desde la infección hasta la muerte. Ragusa construyó un centro de aislamiento llamado lazzaretto en una isla cercana, donde se enviaba a las tripulaciones de barcos que llevaban la epidemia para permanecer allí hasta su muerte o recuperación. Varios de estos centros de cuarentena se construyeron en ciudades de Europa y América del Norte hasta el siglo XIX.

La fiebre amarilla fue la epidemia que afectó gravemente a Filadelfia, Estados Unidos, entre agosto y noviembre de 1793. Debido al impacto de la enfermedad, ciudades cercanas como Nueva York y Baltimore impusieron cuarentenas a las mercancías procedentes de Filadelfia. Así mismo la ciudad impuso cuarentenas a inmigrantes, pues se creía que eran ellos quienes traían la enfermedad. Se calcula que murieron unas 5.000 personas y a finales de septiembre, más de 20.000 habían abandonado la ciudad.